バージョンによってロゴの保存場所が違うようで、2.4.1の場合は
data/pdf
直下に【logo.png】があります。
（user_data/packages/default/img/pdf　にもlogo.pngがあるのですが、こっちを変更しても納品書のpdfのロゴは変更されませんでした…）

これをオリジナルのロゴに変更することでpdfに挿入されるロゴもオリジナルのものになりました。

pdfの生成を行っているっぽいファイルは
data/class
直下の【SC_Fpdf.php】です。

変更するロゴのサイズが大きすぎるとpdfファイルの表示が崩れてしまいそうなので、ロゴのサイズには注意した方がいいかも知れません。